I allergie al cioccolato sono possibili anche se lo sono Rares. Il fenomeno allergico in questo caso deriva dalle proteine ​​del cacao. La persona allergica che lo consuma ha poi difficoltà a respirare, ha mal di testa, eruzioni cutanee, tachicardia, prurito e sensazione di bruciore allo stomaco.

Questi sintomi possono essere osservati anche nelle persone allergiche agli elementi che compongono il cioccolato (noci, proteine ​​del latte, ecc..), anche se quindi non sono realmente allergici al cacao in sé.