Nei bambini piccoli, in caso di anomalia ormonale, il trattamento può consistere in iniezioni di Testosterone, il cui dosaggio e la cui regolarità sono fissati dall'endocrinologo. Questo trattamento ben seguito aumenta le dimensioni del pene. Quando il micropene è causato da tessuti del pene insensibili al testosterone, questo trattamento ormonale non ha alcun effetto.

Prima viene rilevato il micropene, più velocemente viene messo in atto il trattamento, più efficace sarà. Il trattamento può essere necessario anche intorno alla pubertà. Dopo la pubertà, il trattamento ormonale non è più efficace perché i tessuti non reagiscono più allo stesso modo.

Trattamento chirurgico del micropene     

In età adulta, quando il micropene non è stato trattato o quando il trattamento non è stato sufficientemente efficace, il chirurgia è possibile. Tuttavia, non sempre presenta risultati convincenti.

La sezione del legamento sospensivo del pene, che va dal pene al pube, può essere offerto. Non modifica in alcun modo il pene ma lo stacca parzialmente dal pube, facendolo apparire più lungo. Il guadagno osservato è da 1 a 2 cm nello stato flaccido e 1,7 cm in erezione. Questo allungamento viene acquisito a scapito di un pene eretto instabile, poiché è meno ben attaccato al pube, il che può rendere meno facile la penetrazione.

LAiniezione di grasso autologo comporta l'iniezione del grasso del soggetto sotto la pelle del suo pene. Questo non allunga in alcun modo il pene, ma lo rende visivamente più spesso. Solo una parte del grasso messo in atto non viene assorbita dall'organismo nel tempo (dal 10 al 50% a seconda dei soggetti). Il riassorbimento può essere irregolare e portare a un aspetto del pene "rosario".

Il micropene può avere importanti ripercussioni psicologiche, soprattutto durante l'adolescenza, è importante che la persona sia aiutata e che i suoi dubbi siano presi in considerazione.